農村污水處理與城市污水處理相比，最大的不利之處在于兩個方面的困難，一是保障設施建設，二是保障設施運行。這兩個方面的保障又分別涉及資金與組織管理兩個方面的問題，具體地說，就是設施建設資金籌集與建設水平保障、設施運行費用籌集與運行質量保障。
    上述兩方面的保障困難由農村或者鄉村污水的分散性所決定。大多數國家的大型集中污水處理的建設資金由市政當局提供，通過向居民收費來維持運行，少數國家主要從資本市場籌集，以向消費者提供服務的方式回收投資、維護運行并獲取收益。對城市而言，后一種方式也被證明是非常有效的。但是鄉村污水治理通過這兩個途徑籌資都不太容易。

    庭院自備型設施的建設和運行資金不僅依賴于家庭的支付能力還受家庭支付意愿的限制，鄉村管網型或者小區型設施的資金籌集也由鄉村或者小區的公共財力和組織能力所決定。這三種類型污水治理的盈利模式和前景還不明確，也難以從資本市場獲取資金。鄉村污水治理設施的建設水平與運行質量，一方面受業主能力與意愿的影響，另一方面其分散性必然導致管理部門在監管上的困難。盡管發達國家鄉村居民的資金能力與覺悟水平都比較高，但在治理鄉村污水時同樣面臨這些困難。我國由于長期以來所形成的城鄉二元化特征，必將使我國在鄉村污水治理方面面臨更大的挑戰。