天然沸石在實際運用中，往往要通過改性才能達到最好的效果，而且還要與其他吸附劑一起使用，比如：活性炭，以達到互補不足的作用。另外，天然沸石還運用于城市污泥處理。
用稀土鑭改性的沸石與天然沸石作對比實驗研究，試驗表明：用稀土鑭改性的沸石與天然沸石相比,對氨氮和正磷的去除率都有很大程度的提高,尤對正磷的去除率提高數10倍,去除率最高可達99%。改性稀土沸石同步脫氮除磷的最佳pH在4左右,對氨氮的去除率達83% ,對正磷的去除率在90%以上;進水pH在4～8范圍內時,出水均在6～9之間。吸附飽和的沸石能夠高效再生,經7次再生后的去除率僅降低7%。鑭改性沸石能夠同步除磷脫氮,利于降低微污染水處理成本。因此, 用稀土鑭改性的沸石對于氮磷微污染水的治理,是一種新的有益的探索和嘗試。
    利用天然斜發沸石作為微動力砂濾器的濾料,研究了它去除水中氨氮、懸浮物的效果。結果表明:天然斜發沸石對氨氮的去除率可達到95% ,對懸浮物的去除率可達到90.94 %。天然沸石作為濾料不會增加水中有害金屬離子濃度,將它應用于微動力砂濾器中,能顯著增強過濾單元去除懸浮物及氨氮的能力。用沸石作為濾料應用于微動力砂濾器中強化過濾,是一種節能、有效、安全的提高水質的方法。目前,這種砂濾器已經有一萬多臺應用于世界各地的中小型水廠中,國內近幾年也有工業應用的報導。用沸石微動力砂濾器已在石家莊某廢水回用工程中得到了應用。實踐證明,沸石微動力砂濾器,運行效率高,可以24h連續運轉,過濾出水水質穩定,運行維護費用低。因此,這種砂濾器可在城市污水深度處理中推廣應用。
    利用天然沸石作為生態床系統的基質對城市污泥進行處理,并在相同條件下,和礫石基質的處理效果進行了比較。結果表明,在生態床系統運行過程中,天然沸石對城市污泥處理的效果都優于礫石。天然沸石作為生態床基質有礫石不可及的特點,在TN、TP、氨氮及重金屬方面的處理效果均遠遠高于礫石床。沸石生態床系統運行一年后,除了Hg超標外,其余元素均已達污泥農用標準,效果顯著。天然沸石用于城市污泥處理,是一種新的研究方向。沸石生態床可廣泛應用在中小城市的污水處理廠中,代替污泥處理的傳統工藝。
    另外，為了篩選出一種既能提高常規活性污泥系統的除污效能,又能加強其抗沖擊負荷能力的方法,考察了投加沸石粉的活性污泥系統對石化廢水COD和氨氮的強化去除效果,研究了污泥絮體的性狀和結構以及微生物DNA的多樣性,探討了沸石強化活性污泥系統對污染物去除的機理。模擬高氨氮濃度的進水對沸石強化活性污泥系統進行沖擊的試驗表明,沸石強化系統對氨氮的沖擊比對照組有較強的耐受性;沖擊后采取投加沸石粉的補救措施表明,它對于沖擊造成的損傷有較好的修復效果。沸石強化活性污泥系統對有機物和氨氮的去除有強化作用,投加沸石粉50mg/L可使COD去除率平均提高約10% ,氨氮去除率提高15%。沸石強化的活性污泥系統對于氨氮的沖擊具有明顯的耐受性,沸石投加組(50mg/L) 對COD 和氨氮的去除率比對照組分別高5 %～8%和3 %～12%。投加沸石使得曝氣池中的硝化細菌類群增加,硝化速率提高,出水的硝酸鹽氮濃度明顯提高。分子生態學分析表明,投加沸石后活性污泥系統中微生物的DNA多樣性、豐富度和均勻度均有提高。對于受到短暫氨氮沖擊的正常運行活性污泥系統,通過投加50mg/L的沸石粉,可使處理系統在較短的時間內恢復到處理以前的狀態。